苹果3GS使用的最佳系统版本主要取决于用户的需求和偏好。以下是几个值得考虑的系统版本：
iOS 5.0.1
iOS 5.0.1是苹果3GS可以升级到的最后一个主要版本，它带来了许多新功能和改进。尽管存在一些报告称该版本在某些设备上可能会遇到性能问题，但对于大多数用户来说，它仍然是一个稳定且功能丰富的选择。
iOS 4.1
iOS 4.1被认为是苹果3GS的一个稳定版本，具有较好的性能和兼容性。许多用户报告称这个版本在运行速度和稳定性方面表现优异，尤其是与后续的iOS版本相比。
iOS 4.3.3
iOS 4.3.3被认为是苹果3GS的一个非常稳定且好用的版本。尽管它不支持一些较新的设备功能，但对于大多数用户来说，它的性能和稳定性已经足够满足日常使用需求。
iOS 5.11
对于已经越狱的用户，iOS 5.11是一个值得考虑的版本。它支持许多越狱后的功能和插件，且稳定性较好。然而，需要注意的是，较新的iOS版本可能不再支持某些旧设备的功能和应用程序。
建议
如果追求稳定性和兼容性，建议选择iOS 4.1或iOS 4.3.3。
如果已经越狱且希望继续使用越狱功能，iOS 5.11是一个不错的选择。
如果追求新功能和性能，可以考虑升级到iOS 5.0.1，但需注意可能存在的性能问题。
请根据个人需求和设备状况选择最适合自己的系统版本，并确保在升级前备份重要数据。