国库支付程序主要包括以下几个步骤：
预算单位提出申请
预算单位根据批准的用款计划向财政支付机构提出申请。
申请内容通常包括用款金额、收款人信息、支付用途等。
审核与批准
财政支付机构（如国库支付中心）对申请进行审核，确保符合预算和用款计划的要求。
审核通过后，财政部门会签发支付令或授权支付凭证。
资金拨付
直接支付：财政部门根据支付令通过国库单一账户体系将资金直接支付到收款人或用款单位账户。
授权支付：预算单位根据财政授权，向代理银行签发支付指令，代理银行在批准的用款额度内完成支付。
清算与记账
支付完成后，通过银行清算系统进行资金清算，确保零余额账户与国库单一账户之间的资金平衡。
相关账务处理由预算单位和代理银行根据财政部门的要求进行。
记录与回执
预算单位收到支付凭证后，进行账务处理，并记录相关回执。
国库处或代理银行会提供拨款回执，作为资金拨付的凭证。
具体流程示例
财政直接支付流程
预算单位编制分月用款计划，向财政部门申报并获得批复。
预算单位在月度用款额度内，自行开具授权支付令并通知代理银行。
代理银行根据财政部门批复的额度从预算单位零余额账户中付款垫支。
每日营业终了，财政部门从国库单一账户或预算外非税收入财政专户付款到代理银行预算单位零余额账户。
财政授权支付流程
预算单位根据部门预算和财政授权，向代理银行签发支付指令。
代理银行在财政批准的用款额度内，通过国库单一账户体系将资金支付到收款人账户。
收款人执预算单位开出的财政授权支付凭证到柜台办理，柜员受理并核对凭证无误后进行资金划转，同时扣减额度。
建议
预算单位应严格按照批准的用款计划提出申请，确保申请内容的准确性和完整性。
财政部门应加强对预算单位用款计划的审核，确保资金使用的合规性和效率。
代理银行在处理支付业务时，应严格按照财政部门的要求和规定进行操作，确保资金安全、准确到账。