拿到商调函后的程序主要包括以下几个步骤：
离职手续
拿到商调函后，首先需要从当前上班的单位离职。这需要盖上单位的公章，如果有上级主管单位，则主管单位也需要盖章。
档案确认与转移
前往调出地的人才服务中心人事档案办公室，确认自己的档案所处状态。如果有未结清的费用，需要立即缴纳。确认无误后，可以让主管部门在意见栏上加盖公章。
凭借调档函领取相关登记表，并前往综合事务办公室开具介绍信。
由原单位出具调档函，并通过机要渠道、邮政EMS档案转递或者专人送达（取走）。
办理手续
新单位收到档案后，档案的手续即告完成。接下来需要在新单位办理人事、工资关系等手续。
后续跟进
如果接收单位归属当地政府管理，商调函和调令可能由当地的市人事局或县人事局办理。需要按照当地的相关流程进行办理。
总结起来，拿到商调函后的主要程序包括离职、档案确认与转移、办理手续以及后续跟进。建议在整个过程中与原单位和接收单位保持沟通，确保每一步都顺利进行。