运营车辆起诉程序一般包括以下三个阶段：
起诉阶段
原告向人民法院递交起诉书及相关证据材料，包括起诉状、副本、身份证明材料和证据等。
人民法院接受原告提交的文件和材料，进行审查，符合法律规定和要求后作出受理决定并立案；若不符合，则退回文件并告知不予受理的理由。
答辩阶段
人民法院在立案之日起五日内将原告的起诉书副本送达被告，并告知被告作出书面答辩。
被告在收到起诉书副本之日起十五日内提交书面答辩；若因非个人意志原因未能在规定时间内答辩，可申请延期，法院院长可决定延期。
开庭审理阶段
法庭调查：审查证据，查明案情，分清是非，确认当事人的权利和义务。
法庭辩论：双方当事人就案件事实和法律问题进行辩论。
法官主持调解：若调解无效，法院将作出判决。
此外，简易诉讼程序也可用于解决网约车司机等普遍遇到的停运损失等问题，具体操作流程可在人民法院在线服务上完成起诉立案。
建议您根据具体情况选择合适的起诉方式，并准备好所有必要的文件和证据，以确保诉讼过程顺利进行。