软件制作费用的缴税方式主要取决于多个因素，包括软件开发者是个人还是企业、所提供的服务类型、以及适用的税收政策和税率等。以下是一些基本的缴税方法：
个人所得税
个人提供或转让商标权、著作权、专有技术或技术秘密、技术诀窍取得的所得，应当依法缴纳个人所得税。特许权使用费所得在扣除相关费用后，按照累进税率缴纳个人所得税。
增值税
软件开发属于服务行业，其服务费用若为一般纳税人，则税率为6%；若为小规模纳税人，则税率为3%。此外，软件产品销售收入通常适用13%的增值税税率，但软件企业可以申请即征即退政策，退税比例为实际税负超过3%的部分。
企业所得税
软件生产企业需要根据实际利润进行纳税，适用的税率为25%。此外，符合条件的软件企业可以享受企业所得税优惠政策，例如“两免三减半”政策，即自获利年度起，前两年免征企业所得税，后三年减半征收。
其他税费
软件开发企业还需要缴纳城建税、教育费附加和地方教育附加费等附加税。
建议
选择合适的税务身份：个人可以根据自身情况选择成为个体户或自由职业者，而企业则可以直接享受企业所得税的优惠政策。
了解适用税率：根据企业类型和软件产品的销售方式，确定适用的增值税和企业所得税税率，并合理利用税收优惠政策。
合理税收筹划：通过合理的税收筹划，如选择合适的供应商、客户和合同方式，可以进一步降低税负。
按时申报纳税：确保按照税法规定的时间和程序进行纳税申报，避免因延迟申报而产生额外罚款和利息。
综上所述，软件制作费用的缴税方式涉及个人所得税、增值税和企业所得税等多个方面，具体缴税方法应根据开发者的实际情况和当地税务法规进行选择和调整。