软件企业在归集研发费用时，应当遵循以下步骤和原则：
明确归集范围
研发费用归集的范围包括人员人工费用、直接投入费用、折旧费用与长期待摊费用、无形资产摊销费用、设计费用、装备调试费用与试验费用、委托外部研究开发费用以及其他费用。
合理归集各项费用
确保各项费用与研发活动直接相关，并有清晰的支出凭证和用途说明。
对于生产研发分别核算，确保研发费用和生产经营费用划分清楚。
费用化处理与资本化
研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用，以及用于中间试验和产品试制的费用，应作为费用化处理，直接计入“研发支出--费用化支出”。
形成无形资产的资本化支出，应计入“研发支出--资本化支出”，并在形成无形资产后转入“无形资产”。
加计扣除政策
企业发生的研发费用，按发生费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
归集的具体操作
研发人员领用的原材料、包装物、低值易耗品等，需有签字和科研项目合同名称作为凭证。
直接从事研发活动的在职人员费用，包括工资薪金、社保和公积金等，应按科研项目归集。
用于研发活动的仪器、设备折旧费用，需按月计提并注明科研项目合同名称。
租赁费用需有签字和科研项目合同名称，并按项目进行归集。
合规性与一致性
确保研发费用核算规范，与财务报表一致，费用划分准确。
设置“研发支出”成本账户，按研究开发项目分别进行“费用化支出”和“资本化支出”的明细核算。
记录与报告
建立研发人员工时记录台账，为会计师事务所出具研发费用专项审计报告及享受研发费用加计扣除政策提供可溯源的依据。
保持企业利润表、企业所得税汇算清缴申报表与高新研发费用专项审计报告的研究费用数据一致。
通过以上步骤和原则，软件企业可以正确归集研发费用，确保符合相关政策要求，并为企业的研发活动提供准确的财务支持。