替代审计程序的设计应当基于具体的审计目标和风险情况，以下是一些设计替代审计程序的建议：
核对期后收款单据
将发票核对至期后的收款单据，例如现金收据、银行存单、支票复印件、银行对账单等。
如果期后未收到应收账款，根据公司的销售确认政策，将所选取的发票核对至销售合同、销售订单和提单（装运单/发货单）等。
检查已收回的欠款
对于已收回的欠款较大的款项进行常规检查，如核对收款凭证、银行对账单、销货发票等，并注意凭证发生日期的合理性。
抽查未函证的应收账款
对于未函证的应收账款，应抽查有关原始凭据，如销货合同、销售订单、销货发票副本及发运凭证等，以验证与其相关的应收账款的真实性。
了解债务人的经营状况
通过调查了解债务人的经营状况，对于被审计单位坏账的计提和确认进行检查，看其是否真实正确；检查坏账的处理是否经授权批准，会计处理是否正确。
分析应收账款明细账
抽查应收账款明细账，并追查有关原始凭证，查证被审计单位有无不属于结算业务的债权。
如果涉及外币应收账款的，应检查其核算是否符合会计制度的有关规定。
对应收账款进行分类和调整
对应收账款明细账进行分析、检查，如果发现出现贷方余额的情形，就应查明原因，必要时建议被审计单位重作分类调整。
选择函证的账户
选择函证的账户数量和金额应能保证对大部分应收账款的金额进行了证实，未函证的应收账款正确与否的相对风险已微不足道。
执行替代性审计程序
如果往来询证函不回函，可以检查与业务有关的合同、内部审批记录、运输物流单据、收发货记录单据、对方签收单据、发票、收付款银行单据等，并可以通过电话询问并录音作为证据。
如果银行询证函首次发函不回函，则首先需要再次发函或者在被审计单位陪同下亲自跟函。
了解客户信誉和业务往来
通过了解客户信誉、账龄分析、业务往来的过程、以往的收回情况以及经济合同的有关条款等方面着手检查，以判断债权的可收回性。
审计工作底稿
实施替代审计程序的审计工作底稿不能过于简单，注册会计师可以通过抄录应收账款明细账户的期初余额、期末余额以及本期借方发生额、本期贷方发生额的总数了解和观察该笔债权的全貌，然后通过抽查凭证，检查和核对有关资料，并按照重要性原则选择复印有关原始凭证和资料，留存在工作底稿中。
通过上述替代审计程序的设计，注册会计师可以在无法进行直接函证的情况下，依然能够有效地验证应收账款的真实性和准确性，从而确保审计质量。