在加工中心上进行钻六角边多个孔的编程，可以采用以下步骤：
确定工件的几何形状和尺寸
明确工件是一个正六边形，并知道需要钻孔的位置和数量。
计算每个等份的角度
由于是正六边形，每个内角为120度。可以将工件分成6个等份，每份的角度为120度。
建立坐标系
将加工中心的坐标系建立在工件上，并确定好参考点。通常选择工件的一个顶点或中心作为坐标系的原点。
计算每个孔的坐标
以工件的中心为原点，计算出每个孔的坐标。假设正六边形的每个顶点坐标为（x, y），则每个孔的坐标可以表示为：
第一个孔：（x, y）
第二个孔：（x + a, y）
第三个孔：（x + 2a, y）
第四个孔：（x, y + a）
第五个孔：（x - a, y）
第六个孔：（x - 2a, y）
其中，a为正六边形的边长。
编写加工程序
使用G代码等编程语言，根据每个孔的坐标编写相应的加工指令。例如：
```
G90 X[x] Y[y] Z[z] ； 定位到第一个孔的坐标
G01 Z[z1] F[f] ； 钻孔到第一个孔的深度
G90 X[x + a] Y[y] Z[z] ； 定位到第二个孔的坐标
G01 Z[z2] F[f] ； 钻孔到第二个孔的深度
%
% 重复上述步骤，编写剩余孔的加工指令
%
G00 X0 Y0 ； 返回原点
```
机床设置和调试
对加工中心进行设置和调试，确保加工程序的正确性。
开始加工
按照编写的程序进行钻孔操作。
通过以上步骤，可以实现对正六边形工件进行均匀分布的钻孔加工，提高加工效率和精度，同时减少操作人员的工作量和操作错误的可能性。